Die Kirche wurde an dem Ort der beim Pestpogrom im Jahre 1349 zerstörten Synagoge erbaut. Auftraggeber war Kaiser Karl IV. Als Architekt wird in der Forschung immer wieder Peter Parler, der Baumeister des Prager Veitsdoms, genannt, ohne dass sich das beweisen ließe. Die Altäre am Choreingang wurden 1358 geweiht, die Bauvollendung zog sich bis in die 1360er Jahre hin. Die Kapelle diente in der Folgezeit als kaiserliche Hofkapelle und als Versammlungsort der adligen Fürspännergesellschaft. Im Zusammenhang mit der Taufe des kaiserliche Thronfolgers Wenzel in der nahegelegenen Kirche St. Sebald im Jahre 1361 ist die Präsentation der Reichskleinodien vom Umgang des Michaelschors überliefert. Doch war der Altan vor der Westfassade der Frauenkirche nicht für eine regelmäßige Weisung der Reichskleinodien bestimmt, sondern eher für die Weisung des umfangreichen eigenen kostbaren Reliquienbesitzes, den u. a. Karl IV. gestiftet hatte. Auf die Geburt des kaiserlichen Thronfolgers Wenzel nimmt das ungewöhnliche plastische Programm der Portale und Schlusssteine der Kirche Bezug.

In den Jahren 1442 und 1443 baute Heinrich Traxdorf aus Mainz eine „mittlere und eine kleine Orgel“. 1487 wurde die 1466 abgebrannte Sakristei wiederhergestellt. In den Jahren 1506–1508 schuf Adam Kraft einen neuen Westgiebel. Seit der Reformation in Nürnberg 1525 lutherisch, wurde die Kirche durch Einbau von Emporen zu einer Predigtkirche umgestaltet. Nachdem Nürnberg 1806 an das neue Königreich Bayern fiel, konnte sich eine römisch-katholische Gemeinde bilden, die 1810 das Gebäude erwarb und es bis 1816 unter Lorenz Rotermundt grundlegend erneuern ließ. 1946–1953 wurden Kriegszerstörungen behoben; nur die Mauern des Langhauses und der Fassade waren erhalten geblieben. 1989–1991 wurde das Bauwerk instand gesetzt. Hierbei wurde in den Chorboden ein Davidstern mit Jahreszahl „1349“ eingesetzt zum Gedenken an das Pogrom gegen die jüdische Siedlung am Hauptmarkt im Jahre 1349. Seit 2003 wird die äußere Westfassade saniert.

Im Innern der Frauenkirche sind zahlreiche Kunstwerke aus dem Mittelalter überliefert, die allerdings häufig erst im frühen 19. Jahrhundert in die Kirche kamen, als sie nach jahrhundertelanger protestantischer Nutzung für den katholischen Gottesdienst neu eingerichtet wurde, z. B. der so genannte Tucheraltar (um 1440/1450; stammt aus der abgerissenen Augustinerkirche), Peringsdörffersches Sandstein-Epitaph von Adam Kraft (um 1498, ebenfalls aus dem Augustinerkloster). Von der mittelalterlichen Originalausstattung der Frauenkirche sind erhalten: Steinerner Skulpturenzyklus aus der Zeit um 1360 im Chor (u. a.Anbetung der Könige, hl. Wenzel, Schmerzensmann); Verkündigungsengel und Leuchterengel aus dem Umkreis von Veit Stoß (Anfang 16. Jahrhundert), Reste des ersten Hochaltarretabels um 1400 (die gemalten Tafeln heute im Germanischen Nationalmuseum Nürnberg und im Frankfurter Städel, Tonfiguren u. a. in der Prager Nationalgalerie). Der Nachfolger auf dem Hochaltar, das sog. Welserretabel aus dem frühen 16. Jh., ist heute nur noch in Fragmenten erhalten (Flügelteile im Germanischen Nationalmuseum). Aus der Frauenkirche stammen auch die berühmten sog. „Nürnberger Tonapostel“ aus der Zeit um 1400 (heute Nürnberg, Germanisches Nationalmuseum, und Kirche St. Jakob). Eine Rosenkranztafel aus dem Umkreis des Veit Stoß befindet sich heute ebenfalls im Germanischen Nationalmuseum.

Der Lübecker Dom (auch Dom zu Lübeck) ist der erste große Backsteinkirchbau an der Ostsee und mit fast 132 Metern Länge eine der längsten Backsteinkirchen. 1173 wurde der Lübecker Dom von Heinrich dem Löwen begründet und 1247 geweiht. Patrone der evangelischen Kirche sind die Heiligen Johannes der Täufer und Blasius (wie im Braunschweiger Dom), Maria und Nikolaus.

Im Jahre 1173 legte Heinrich der Löwe als Stifter den Grundstein des Domes als Kathedrale für das Bistum Lübeck, nachdem im Jahre 1160 das Domkapitel und der Bischofssitz von Oldenburg in Holstein unter Bischof Gerold hierher verlegt worden war. Der Lübecker Dom gehört somit zu den vier sogenannten Löwendomen (Ratzeburg 1154, Schwerin 1171, Braunschweig 1173). Die Kirche wurde als Bischofskirche Johannes dem Täufer und als Gemeindekirche dem Heiligen Nikolaus geweiht.

Vorgängerkirche des Doms war eine provisorische Holzkirche und die in Richtung Trave vor dem Dom gelegene erste Kirche Lübecks, St. Johann auf dem Sande, die sich etwa an der Stelle des heutigen Bauhofs befand. Diese Kirche wurde 1150 von Vizelin geweiht, genügte aber nach der Verlegung des Bistums von Oldenburg (Holstein) nach Lübeck den Anforderungen der Bischöfe und der wachsenden Stadt nicht mehr, weswegen 1173 der Entschluss zum Dombau in unmittelbarer Nähe gefasst wurde. Der Giebel von St. Johann a.d.S. stürzte 1648 ein, vier Jahre später wurde die Kirche völlig abgetragen.^[1]

Die romanische Basilika wurde 1247 fertiggestellt und geweiht. Um 1254 wurde am nördlichen Querhaus eine Eingangsvorhalle angebaut, das Paradies. Anschließend wurde der romanische Dom ab 1266 zu einer gotischen Hallenkirche umgebaut, indem man die beiden Seitenschiffe etwa auf die Höhe des Mittelschiffes auf rund 21 Meter anhob. Ebenfalls in dieser Zeit erfolgte die Verlängerung des Baukörpers durch die Errichtung des gotischen Chores unter Bischof Heinrich II. Bochholt (1317–1341). Dieser wandte einen Betrag von 28.000 Mark^[2] für den 1341 fertiggestellten Chor auf, in dessen Mitte er auch unter einer bemerkenswerten Grabplatte aus Messing begraben liegt, die dem Erzgießer Hans Apengeter zugeschrieben wird.

1341 war der romanisch-gotische Lübecker Dom in seiner heutigen Gestalt vollendet. Der Baukörper wurde dadurch auf rund 132 m verlängert, und die romanische Apsis wurde nach Fertigstellung des gotischen Chors bis auf die Fundamente abgerissen.

Der Unterschied zwischen den beiden Bauabschnitten ist auch für Laien in der Kirche deutlich erkennbar: Der ältere Bauteil romanischer Zeit wird von massiven, rechteckigen Pfeilern getragen, der jüngere gotische Chor von schlankeren, runden Säulen. Dieser Übergang wird seit der Nachkriegs-Rekonstruktion in den 1970er Jahren durch eine Glaswand markiert. Insbesondere die Türme zeigen noch deutlich die Formen der Romanik.

Bis zur Reformation unterstand das Domkapitel dem Bischof und nicht dem Rat der Stadt. Im Zuge der Reformation wurde der Dom bis 1803 gemeinschaftliches Eigentum von Stadt und Domkapitel und ging dann mit Auflösung des Domkapitels in das Alleineigentum der Stadt über. Das Domkloster Lübeck wurde Ende des 19. Jahrhunderts Museumsstandort des Museums am Dom.

Der erhaltene mittelalterliche Kreuzgang an der Südseite der Kirche verbindet den Dom heute mit dem Baukörper des Museums für Natur und Umwelt und des Archivs der Hansestadt Lübeck.

Der Dom wurde im Laufe der Jahrhunderte häufiger aufgrund seiner freien Lage am Wasser zwischen Obertrave und Mühlenteich durch Wetter und Stürme beschädigt. 1611 musste der nördliche Turmhelm ersetzt werden, 1648 wurde ein „Knopf nebst Wetterhahn in den Mühlenteich geschleudert“, und um 1766 wurden die kleinen Nebentürme beseitigt.