Beim Trennsystem werden Schmutz- und Regenwasser in getrennten Kanälen abgeführt. Das Schmutzwasser gelangt zur Kläranlage während das Regenwasser zum nächsten Gewässer oder zu einer Versickerungsanlage abgeleitet wird. Beim Mischsystem erfolgt eine gemeinsame Ableitung von Schmutz- und Regenwasser in einem Kanal zur Kläranlage. Der Anteil der Mischkanalisation beträgt in Bayern rund 2/3 der vorhandenen Kanäle. Bei starken Regenfällen werden in der Mischkanalisation große Wassermengen zur Kläranlage abgeleitet. Dies kann die Funktion der Kläranlage gefährden, da nur eine bestimmte Abwassermenge gereinigt werden kann. Größere Mischwassermengen werden daher in Regenbecken zwischengespeichert und mechanisch durch Absetzwirkung gereinigt. Nicht mehr aufnehmbares Mischwasser muss - stark verdünnt - in ein Gewässer entlastet werden. Sauberes Regenwasser sollte allerdings nur dann im öffentlichen Kanal abgeleitet werden, wenn eine Rückhaltung, Nutzung oder Versickerung auf den Grundstücken nicht möglich ist.