Beijing Guoan wurde 1992 von der CITIC-Guoan-Gruppe gegründet und erreichte 1995 in der Jia A (der höchsten Spielklasse vor Gründung der Chinese Super League im Jahre 2003) den zweiten Endrang, die bis dahin beste Platzierung in der Liga. Der chinesische Pokal hingegen konnte 1996, 1997 und 2003 erobert werden, der Supercup 1998 und 2004. Aus der Mannschaft gingen einige bekannte chinesische Fußballspieler hervor, wie z.B. Energie-Cottbus-Stürmer Shao Jiayi und der ehemalige Eintracht-Frankfurt-Spieler Yang Chen.
2003 unterzeichnete der Verein einen Werbevertrag mit dem koreanischen Automobilhersteller Hyundai, weshalb die Profimannschaft bis Anfang 2006 den Namen Beijing Hyundai Motor Football Team trug.
Im November 2005 unterzeichnete die CITIC-Gruppe ein Abkommen mit dem spanischen Fußballverein Real Madrid. Der Klub unterstützt den firmeneigenen Erstdivisionär Beijing Guoan, im Gegenzug hilft die CITIC-Gruppe den Madrilenen über ihre Tochtergesellschaft Guoan beim Marketing in China.[1] Im März 2006 beauftragte Real Madrid den ehemaligen Direktor der klubeigenen Fußballschulen in Mexiko, Xabier Azkargorta, das Amt des Sportlichen Leiters bei Beijing Guoan zu übernehmen.
Aufgrund von Renovierungsarbeiten für die Olympischen Sommerspiele 2008 in Peking trug Beijing Guoan seine Heimspiele nicht wie gewohnt im rund 64.000 Zuschauer fassenden Arbeiterstadion, sondern im kleineren Fengtai-Stadion aus. Nach den Spielen war zwar eine Übersiedlung ins neue Nationalstadion Peking geplant, derzeit spielt Guo'an jedoch wieder im Arbeiterstadion. 2009 wurde der Verein zum ersten Mal in seiner Geschichte chinesischer Meister, in der Saison 2010 konnte dieser Erfolg jedoch nicht wiederholt werden. Mit Platz 5 in der Abschlusstabelle verpasste Guo'an die Teilnahme an der AFC Champions League 2011.
Der Verein hat eine Partnerschaft mit Ajax Amsterdam.